Die Geschlechtsorgane (lat. Organa genitalia) oder Genitalien dienen bei Spezies mit mehreren bzw. unterschiedlichen Geschlechtern vornehmlich der unmittelbaren Fortpflanzung. Sie werden deshalb auch als primäre Geschlechtsmerkmale bezeichnet.

Funktional kann man zwischen den Sexualorganen – Organe, die zur Ausübung des Geschlechtsverkehrs dienen – und den Reproduktionsorganen unterscheiden. Es werden dementsprechend äußere von inneren Genitalorganen unterschieden. Bei männlichen Individuen kommt noch dazu, dass – als Drittfunktion – der Penis mit seiner Harnröhre Teil der ableitenden Harnwege ist.

Unterschieden wird ferner in (primäre, eigentliche) Geschlechtsdrüsen (das sind Hoden und Eierstöcke) sowie sog. (zusätzliche) akzessorische Geschlechtsdrüsen.

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